A história do E.C. Beija-Flor é marcada por duas eras distintas. A primeira remonta aos anos 1980, quando, em 1984, Ruth Alves de Souza ou ''dona Ruth'', uma figura icônica do bairro, conhecida por sua dedicação à comunidade e pela organização do carnaval local, fundou o time de futebol.
No entanto, apesar dos esforços, a equipe não conseguiu alcançar resultados significativos em campo, enfrentando dificuldades financeiras e estruturais que culminaram no encerramento de suas atividades em 1996.
A segunda era começou em 2007, quando um grupo de amigos, liderado por Alan Carlos Lima, decidiu reviver a tradição e fundar uma nova equipe para disputar campeonatos regionais de futebol amador. Assim nasceu o E.C. Beija-Flor, inicialmente conhecido como Laranjeiras/Beija-Flor, que teve como seu primeiro presidente Alessandro ''Menudo''.
A escolha do nome foi estratégica, pois a nova equipe precisou se unir ao time Laranjeiras, do Geisel, para garantir uma vaga nos campeonatos regionais.
Desde o início, a fusão se mostrou promissora. No primeiro ano de competição, o E.C. Beija-Flor conquistou seu primeiro título regional, organizado pela Liga Bauruense, em 19 de agosto de 2007. Essa data, que marcou o primeiro jogo da final, foi escolhida para simbolizar a "fundação" oficial do time.
Motivada pelo sucesso, em 2008, a equipe ingressou na Liga Regional, ainda mantendo a parceria com o Laranjeiras. Contudo, essa temporada não foi tão bem-sucedida, com o time sendo eliminado na primeira fase. Em 2009, no último ano da fusão com o Laranjeiras, sob o comando do técnico Osmar, o E.C. Beija-Flor alcançou a final e conquistou seu primeiro título da Liga Regional Bauruense, vencendo o time do Geisel.
Em 2010, a equipe disputou o campeonato exclusivamente como E.C. Beija-Flor, sem a fusão, e conseguiu defender o título, tornando-se bicampeã ao vencer o Redentor na final.
Alan, fundador e jogador, comemorou a conquista. "Torcer para esse time é diferente. Sentimento? É pouco. Amor? É pouco. A letra da nossa torcida resume bem: 'Zona Leste, minha vida é você, Beija-Flor é nossa vida, não tem como explicar'", declarou.
Com a criação da Copa Semel em 2011, que substituiu a Liga Regional, o Beija-Flor manteve sua hegemonia, vencendo a primeira edição da competição ao derrotar novamente o Redentor na final.
Em 2012, a equipe fez história ao se tornar a primeira campeã invicta da Copa Semel, ainda sob o comando do multicampeão, Osmarzão, conquistou quatro títulos consecutivos. Contudo, problemas extracampo levaram à retirada do time das competições nos anos seguintes.
As atividades foram retomadas em 2016, com a mesma diretoria. Na temporada de retorno, o Beija-Flor alcançou a final contra o Redentor, mas ficou com o vice-campeonato.
Em 2017, sob a nova presidência de Nivaldo Neves Neto, auxiliado pelo diretor Elias, a equipe teve um desempenho aquém do esperado e não avançou na competição.
No entanto, em 2018, o tão sonhado título para o novo presidente finalmente veio, com uma campanha impecável e uma vitória memorável nos penaltis sobre o Redentor na final.
Em 2019, o Beija-Flor, agora pentacampeão, buscou o hexacampeonato sob o comando do técnico Batata, que havia sido campeão no ano anterior.
Em uma final emocionante contra o Comercial, a equipe da zona leste sagrou-se campeã novamente nos pênaltis, para a alegria de sua gigante torcida. "Eu não meço esforços para fazer o que estiver ao meu alcance. Claro que não faço nada sozinho; toda a diretoria está à frente do projeto. Sou suspeito para falar, mas o Beija-Flor é tudo para mim. Amor, paixão, isso define", declarou o presidente Nivaldo Neto.
Após duas temporadas sem competição devido à pandemia, o campeonato voltou a ser disputado em 2022, mas o time não teve o desempenho esperado, sendo eliminado nas quartas de final em ambos os anos.
No entanto, o diretor Elias promete um time forte para a próxima disputa. "Este ano, estamos vindo para brigar, sempre com os pés no chão e humildade. Aqui é Beija-Flor, é algo que não dá para explicar; só quem é sabe. Tem que estar de coração, isso aqui é tudo para nós", afirma. A disputa da, 12ª Copa Semel, tem inicio neste domingo (18). A rodada inicial é marcada pelo clássico, entre Beija-Flor e Comercial.