Quando surge um novo e poderoso Digimon malvado, que invade a Internet e assume o controle dos computadores de todo mundo, inclusive os que lançam mísseis atômicos, os Digiescolhidos se unem para derrotá-lo. Para isso, terão que evoluir seus Digimons e salvar o mundo virtual e também o mundo real.
Digimon O Filme também traz outras novidades em relação ao desenho visto na TV. Além de apresentar o inédito monstro digital
Omnimon que se reúne aos mais de cem tipos diferentes de digimons que existem atualmente -, a história deixa de ser ambientada no Japão e ganha os Estados Unidos, onde mora um novo digiescolhido.
