A inauguração da Hospital de Base, em 22 de janeiro de 1951, foi bastante concorrida na cidade. Tamanho frenesi deveu-se, na época, à presença do governador Ademar de Barros.
Autoridades políticas de Bauru e região compareceram à inauguração, que contou ainda com a participação do governador eleito Lucas Nogueira Gouvêa.
Apesar do clima festivo, os provedores da Santa Casa de Misericórdia, que iriam administrar o hospital, não aceitaram a denominação Fernando Costa atribuída ao prédio. De acordo com historiadores, essa foi uma das razões que atrasou a sua inauguração, inicialmente prevista para 1.º de janeiro daquele ano.
Na década de 70, uma nova briga entre os médicos e os diretores do hospital, ligados à Irmandade de Misericórdia, levou à fundação da Associação Hospitalar de Bauru, que hoje administra o Hospital de Base, o Hospital Manoel de Abreu e a Maternidade Santa Isabel.
Na década de 50, a inauguração do Hospital de Base permitiu o tratamento de casos clínicos mais complexos. Na época, além do HB, os bauruenses eram atendidos no Hospital da Beneficência Portuguesa, fundado em 1929, a Santa Casa de Misericórdia (1911) e o Hospital da Noroeste, localizado na Bela Vista.
