A Emdurb cuida apenas dos mototaxistas regulamentados. Os clandestinos, por força do Código de Trânsito Brasileiro, é de responsabilidade da Polícia Militar. De acordo com o tenente Jorge Luís Dias, comandante do Pelotão de Trânsito da PM de Bauru, a questão é que é muito difícil caracterizar o transporte remunerado de passageiros pelos irregulares, nos bloqueios feitos pela polícia.

Dias destaca que a PM faz entre cinco e seis autuações mensais de mototaxistas clandestinos. Porém, admite que o número é pequeno em relação à quantidade de irregulares. Segundo ele, muitas vezes, os passageiros são orientados a dizer que são parentes ou estão de carona para evitar a autuação. A polícia tem que trabalhar dentro da legalidade, para que a autuação seja legítima, ensina.

De acordo com o tenente, o problema dos mototaxista clandestino existe em várias cidades do Estado de São Paulo. Dias recomenda que a população utilize apenas os mototáxis regulamentados, como forma de melhorar o serviço na cidade, já que os credenciados passaram por um processo seletivo da Emdurb e oferecem uma garantia maior à comunidade.

A Emdurb e a Polícia Militar vêm fiscalizando, também, os estacionamentos para motos no Centro da cidade, uma vez que alguns mototaxistas ocupam as vagas, fazendo-as de ponto, criando dificuldades para os motociclistas conseguirem estacionar na região.