As doenças causadas pelos micróbios podem ocorrer de diferentes maneiras, dependendo do tipo de germe presente no alimento. Os microorganismos são divididos em bactérias, fungos, vírus e protozoários. Os sintomas de contaminação podem ir desde um simples mal-estar, náuseas, dor de cabeça e diarréia, até uma paralisação respiratória, cardíaca e mental.
Estas doenças podem ser divididas em três tipos, segundo o biomédico Roberto Martins Figueiredo: infecções, toxinfecções e intoxicações.
A infecção ocorre quando a pessoa ingere bactérias junto com o alimento. Depois de algum tempo, esses germes se abrigam nas células humanas provocando reações do organismo com sintomas característicos.
As toxinfecções ocorrem quando o micróbio que contamina o alimento é toxigênico, ou seja, ao mesmo tempo em que ele se nutre e se multiplica, deixa resíduos tóxicos naquele alimento. Ao ser ingerido pelo ser humano, causa uma infecção tóxica.
Já as intoxicações ocorrem quando a proliferação dos microorganismos patogênicos é intensa e deixa quantidades variáveis de toxinas. Embora as bactérias sejam ingeridas também, os efeitos nocivos ao organismo são causados pela toxina antes mesmo que a bactéria tenha tempo de se instalar. O exemplo mais conhecido de intoxicação é o botulismo - a doença do palmito.
Além destas situações, que referem-se a contaminações de origem microbiana, os alimentos também podem causar intoxicações químicas (por agrotóxicos, raticidas, inseticidas ou metais usados no cultivo e irrigação) e intoxicações de origem natural (quando o próprio alimento é tóxico, como alguns cogumelos e peixes).
