O 2.º turno é a disputa dos dois candidatos que terminaram em primeiro e segundo lugares no primeiro turno da eleição. A segunda votação para o cargo de prefeito é possível somente nas cidades com mais de 200 mil eleitores e são 70 ao todo no Brasil. Ela só acontece quando nenhum dos candidatos a prefeito obtém mais de 50% dos votos, escluindo-se os brancos e nulos. Caso o candidato obtenha 50% mais um dos votos, ele vence as eleições no primeiro turno.
Em 2004, houve segundo turno em 44 das 70 cidades possíveis no País. Bauru foi uma delas. Tuga Angerami e Caio Coube disputaram a segunda votação, na qual o atual prefeito levou a melhor com 88.716 votos (51,78% dos votos válidos). Caio Coube totalizou na ocasião 82.619 votos (48,22% dos votos válidos). A diferença de 6.097 votos representou índice de 3,56% no resultado final da totalização. A exemplo de quatro anos atrás, Bauru terá novamente a disputa de segundo turno, desta vez entre o tucano Caio Coube e o peemedebista Rodrigo Agostinho. Cada um terá dez minutos para campanha na TV e no rádio. O horário eleitoral gratuito começa no próximo dia 13 e termina em 24 de outubro. A votação do segundo turno será no dia 26 de outubro.
