Ele era um astrônomo e um docente no departamento de física e astronomia da Universidade de Ohio (EUA). Também era um doutor em astrofísica, estudando a evolução estelar na identificação de estrelas espectroscópicas. Em 1947 houve um recrudescimento substancial no avistamento de ufos nos EUA. Os militares da força aérea, preocupados com a histeria coletiva, procuraram por ele, um cientista muito respeitado, probo, cético. A pedido dos militares, ele trabalhou como consultor técnico na investigação sobre ufos. Isto de 1947 até 1969. No início elaborou relatórios contundentes, verdadeiras catilinárias contra aquela histeria coletiva.
Rechaçava peremptoriamente a possibilidade da existência dos ufos. Tudo era mito, lenda. Achava ridículo o testemunho de pessoas. Zombava, por escrito, delas. Isto agradava sobremaneira os militares. Todavia, paulatinamente, houve uma guinada de opinião. Porque havia centenas de testemunhas confiáveis, tais como astrônomos, operadores de radar, policiais, pilotos de aviões de passageiros, pilotos de aviões de caça, dentre muitas outras. Ele, catalisado pela recente constatação da evidência física dos ufos, num rasgo de ousadia (era cientista), publicou tudo que sabia nos jornais. Tornou-se, da noite para o dia, "persona non grata" aos olhos dos militares. Não obstante, prosseguiu na sua firme cruzada em divulgar que ufos eram reais.
Sempre dando publicidade de seus desentendimentos e decepção com os militares. Até que então a força aérea, em 1969, extinguiu a investigação oficial sobre ufos, alegando que eles não representavam perigo iminente à segurança nacional. Então criou um órgão civil, uma ONG : o Centro de Estudos Ufológicos, selecionando uma plêiade de cientistas de variadas especialidades. Tornou-se o diretor técnico até a sua morte. Em 1975 foi convidado pelo senador Magalhães Pinto (presidente do Senado brasileiro) para ocupar a tribuna do plenário e discorrer sobre ufos.
Foi o que ele fez, criticando o posicionamento antagônico da força aérea americana. Em 1977, em seu livro "Contatos Imediatos', descreve com detalhes a sua investigação por 30 anos sobre os ufos. O cineasta Steven Spielberg quis fazer um filme de ficção estribado no livro supracitado. O autor foi convidado e aceitou ser consultor técnico do filme. A mensagem do filme: não estamos sós no universo. Ainda em 1977 organizou e presidiu o primeiro congresso de ufologia ocorrido neste orbe terráqueo, reunindo cientistas internacionais. Em 1979, no Brasil, veio participar como palestrante do primeiro congresso internacional, em Brasília. Ele veio a óbito em 1986. Entretanto, até hoje é reputado como o maior ufólogo pela comunidade ufológica. Não apenas de seu tempo, mas também "post-mortem". Joseph Allen Hynek: antes, um cético, depois um defensor da existência dos ufos.