Outro ponto que pode ter contribuído para a epidemia atual, na avaliação de Marcelo Gomes, foi a baixa vacinação contra a gripe neste ano. O pesquisador reconhece que a vacina disponível neste momento perde eficácia contra a cepa Darwin, mas acredita que ela poderia ter deixado a população menos suscetível à transmissão. Para a diretora da Sociedade Brasileira de Imunizações, Flávia Bravo, o grande número de casos de gripe também está relacionado à cepa Darwin do H3N2, que não está entre as variantes do Influenza cobertas na vacina disponível nos postos de saúde e clínicas privadas. A vacina contra a gripe inclui um grupo de cepas que pode ser atualizado até duas vezes por ano, com base no monitoramento feito ao redor do mundo sobre quais variantes estão predominando naquele momento. Como o vírus da gripe muda de forma acelerada, essa atualização precisa ser concluída a tempo de disponibilizar uma vacina adequada para proteger a população nos próximos outono e inverno de cada hemisfério, estações que historicamente concentram o maior número de casos.
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