A cidade de Pederneiras já foi chamada de “Fazenda Pederneiras” em meados de 1848, quando os sertanistas Manoel dos Santos Simões e seus filhos Manuel Leonel dos Santos e João Leonel dos Santos compraram e registraram a posse das terras que pertenciam a paróquia de Botucatu.
Vinte e sete anos depois, a Fazenda Pederneiras já era um povoado e foi desligada de Botucatu, passando a pertencer ao município de Lençóis Paulista. Em 1889, o povoado foi elevado a categoria de freguesia e recebeu a denominação de “Freguesia de São Sebastião da Alegria”.
Em 1890, uma campanha encabeçada pelo coronel Coimbra obteve êxito e um decreto estadual de maio de 1891 criou o município de São Sebastião da Alegria. Quatro anos depois, outro decreto estadual fez o município voltar a ter o nome de Pederneiras.
Na época, Pederneiras era o maior município em extensão territorial do Estado. Ele compreendia os municípios de Reginópolis, Iacanga, Arealva e Boracéia.
Foi em 1904 que a cidade recebeu a primeira estrada de ferro da Companhia Paulista. Nessa época, a iluminação pública era feita com lampiões a querosene. Os lampiões instalados em cada esquina eram acesos às 18h e permaneciam assim até as 21h, todos os dias.
Sem os serviços dos Correios, os moradores de Pederneiras tinham de aguardar uma semana para receber correspondências. "O senhor José Secundo ia buscar a correspondência em Jaú, semanalmente.”
O abastecimento de água era feito por bomba de recalque no Córrego do Monjolo. A primeira câmara foi empossada em 29 de setembro de 1892. O número de eleitores era 167.
O serviço telefônico chegou à cidade em 1903 quando a Companhia Rede Telefônica Bragantina interligou as cidades de Jaú, Barra-Bonita, Bica de Pedra (Itapuí), Bocaina, Brotas, Dois Córregos, Mineiros do Tietê e Pederneiras.
