Ao longo dos anos, o programa de transplantes do HCFMB consolidou o hospital como referência em casos de alta complexidade. Além de promover a capacitação dos profissionais, trouxe ao HC mais recursos, tecnologia de ponta e possibilitou o trabalho em conjunto das equipes envolvidas nos transplantes de rim, fígado, coração medula óssea autólogo e córneas. Ao todo, cerca de 200 transplantes são realizados por ano na unidade hospitalar.
Em 2018, o hospital recebeu autorização do Ministério da Saúde para realizar transplantes cardíacos. A portaria que credencia o hospital a fazer este tipo de procedimento foi publicada na edição de 10 de outubro de 2018 no Diário Oficial da União (DOU). Em 2019, quatro transplantes já foram realizados.
O Programa de Transplante Renal tornou-se serviço de referência não só no Estado de São Paulo, mas em todo Brasil. Atualmente, cerca de 130 transplantes renais são realizados por ano.
Embora tenha sido reiniciado em 2010, o Programa de Transplante Hepático consolidou-se somente a partir de 2015, com a parceria estabelecida entre o HCFMB e o Serviço de Transplante Hepático do HC da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (USP). Atualmente, são realizados cerca de 10 transplantes ao ano, com bons resultados a curto, médio e longo prazo.
