Além de provocarem desconforto em passageiros e funcionários, as interdições na Rodoviária Nova de Taubaté, iniciadas em 2015, também geraram prejuízo financeiro à administração do terminal, de responsabilidade da prefeitura. O número anual de embarques, que foi de 631,2 mil em 2014, caiu progressivamente nos anos seguintes: 597,6 mil em 2015, 556 mil em 2016 e 388,2 mil em 2017.
Com menos passageiros pagando a taxa de embarque, a receita, que foi de R$ 1,761 milhão em 2014, passou a cair ano após ano, chegando a R$ 1,391 milhão em 2017. Já as despesas subiram: de R$ 1,159 milhão em 2014, chegando a R$ 1,751 milhão em 2017. Em 2014, as contas fecharam no azul, com saldo de R$ 602 mil. Em 2015 caíram para R$ 312 mil. Nos três anos seguintes, ficaram no negativo: R$ 124 mil de prejuízo em 2016, R$ 360 mil em 2017 e R$ 108 mil em 2018.
A interdição em 2015 foi provocada pela queda de parte do telhado do terminal. Iniciada apenas em 2017, a obra de recuperação custou R$ 5,3 milhões.
