Quando a votação termina, às 17h no horário de Brasília, o trabalho nas seções eleitorais entra em uma nova fase. O encerramento do horário não impede a votação de quem ainda estiver na fila: nesses casos, os eleitores recebem senha e podem concluir o procedimento. Somente depois que todos votam começa a apuração daquela seção.
A própria urna eletrônica realiza a apuração dos votos registrados e emite o Boletim de Urna (BU), documento que apresenta a quantidade de votos destinada a cada candidatura e legenda, além de informações sobre o comparecimento. Uma das vias impressas é colocada na própria seção eleitoral, permitindo a consulta do resultado daquele local.
Depois dessa etapa, os dados são armazenados em uma mídia de resultado e encaminhados para transmissão aos sistemas da Justiça Eleitoral. A urna eletrônica não utiliza conexão com a internet para realizar a votação. O envio dos arquivos ocorre por uma estrutura de comunicação destinada à transmissão dos resultados, com procedimentos específicos para localidades onde o acesso é mais difícil.
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O arquivo digital associado ao Boletim de Urna contém os resultados daquela seção, mas não estabelece ligação entre o voto registrado e a identidade do eleitor. Também constam informações que permitem identificar a seção e a urna responsável pela emissão do boletim, além dos dados relativos ao comparecimento e à votação.
Antes que os números sejam incorporados à totalização, os arquivos passam por verificações nos sistemas da Justiça Eleitoral. Entre os procedimentos está a conferência da assinatura digital, utilizada para verificar a autenticidade e a integridade do arquivo e confirmar sua origem na urna eletrônica cadastrada para aquela seção.
Após essas verificações, os resultados das diferentes seções são incorporados à totalização nacional. O Tribunal Superior Eleitoral divulga tanto o resultado consolidado quanto informações referentes às seções eleitorais. Assim, o percurso do voto passa por várias etapas entre o encerramento da votação e a formação do resultado geral das eleições.