O São José subiu da Série A-3 para a Série A-2 em 2023, com o vice-campeonato no primeiro ano da SAF do grupo Oscar no comando do clube. Depois, no segundo semestre, a Águia do Vaie ainda foi vice-campeã da Copa Paulista e garantiu vaga na Série D do Campeonato Brasileiro de 2024, após 24 anos fora do cenário nacional.
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No entanto, na Série A-2, a Águia do Vale não conseguiu o mesmo sucesso e ‘bateu na trave’ nas três últimas temporadas. E irá para 27 anos fora da elite nacional, já que a última participação foi em 1999.
Em 2024, o São José chegou a liderar o campeonato, tinha um elenco promissor sob comando do técnico Ricardo Costa, mas perdeu para o Velo Clube nas quartas de final. E foram duas derrotas, fora e no Martins Pereira, que eliminaram o time.
No ano passado, nova eliminação no mata-mata das quartas de final. Desta vez, de forma cruel, perdendo para o arquirrival Taubaté, com uma falha do goleiro, em derrota por 1 a 0 no Joaquinzão.
E, em 2026,com novo formato, o São José chegou ao quadrangular onde os dois primeiros iriam para a semifinal na disputa pelo acesso. No entanto, depois de vencer os dois primeiros jogos, perdeu os três seguidos e, mesmo com goleada por 5 a 0 sobre o Sertãozinho em casa nesta quarta, acabou eliminado pela vitória da Ferroviária por 1 a 0 em casa sobre o Juventus, quando dependia de uma derrota da Locomotiva.