A Copa Paulista contará com a presença de 27 clubes. A competição terá início no dia 13 de julho e seu encerramento para 24 de novembro, com a decisão do campeão. O torneio será disputado em cinco fases. Na primeira delas, os times foram divididos em quatro grupos. Apenas a chave 1, composta pela Francana tem um número menor de participantes (seis). Os demais grupos têm sete agremiações.
Nesta fase inicial, os clubes jogarão em turno e returno, classificando os quatro melhores de cada grupo. Os dezesseis classificados serão separados novamente em quatro chaves com quatro times cada. Na sequência, os dois melhores de cada chave vão para as quartas de final e, posteriormente, semifinal e final.
Além da premiação em dinheiro, o clube campeão garante uma vaga na Copa do Brasil de 2014.