O programa Farmácia Popular dá ao cliente descontos de até 90% na compra de remédios cadastrados. Em contrapartida, o governo reembolsa a farmácia credenciada. Para receber o dinheiro, a drogaria é obrigada a preencher uma ficha com o CPF e a assinatura do cliente, bem como anotar o número de registro do médico que receitou o medicamento.
No final de 2010, a Aprofran (Associação das Farmácias e Drogarias de Franca e Região) denunciou que alguns estabelecimentos estariam recebendo recursos acima da média do Governo Federal. Após auditoria, a Procuradoria da República encontrou indícios de fraudes.
Além da ação envolvendo a Total Farma, outras nove farmácias estão incluídas em ações penais provenientes das investigações realizadas pelo Ministério Público Federal. As fraudes nos dez estabelecimentos teriam ocorrido entre outubro de 2007 e setembro de 2010. O valor total dos desvios é de quase R$ 3 milhões.
Dentre as irregularidades apontadas na auditoria, as farmácias não apresentavam todos os cupons fiscais da venda de medicamentos. Muitas das notas apresentadas continham registros de pacientes que relataram nunca ter feito uso do medicamento em questão. Outros afirmaram nunca ter feito compras nas farmácias acusadas de participar do esquema. Em outros casos, os números de CPF de clientes estavam trocados ou pertenciam a pessoas já mortas.