A tarifa cobrada em Franca é mais cara que a cobrada em outras cidades do interior paulista como Ribeirão Preto (R$ 2,40) e Piracicaba (R$ 2,45) e também de Minas —na capital, Belo Horizonte, custa R$ 2,45. O reajuste neste ano foi de 8,16%, superior à inflação dos últimos 12 meses, que foi de 6,24%. Em 2001, a passagem custava R$ 1,05.
O presidente da Emdef, João Marcos Rodrigues, alega que o valor da tarifa tem que subsidiar as gratuidades e descontos concedidos em Franca. Dos 80 mil passageiros por dia, 20.800 andam de graça. Idosos acima de 65 anos, aposentados por invalidez com renda de até dois salários mínimos, deficientes físicos, pacientes de hemodiálise, com câncer, HIV, policiais militares, bombeiros e carteiros não pagam pelo transporte; estudantes têm 50% de desconto e sindicalizados e domésticas, 30%.
A São José ainda enfrenta uma queda no número de passageiros. A empresa perdeu 2 mil usuários por dia no intervalo de dois anos —entre 2008 e 2010.