Os cursos de mestrado e doutorado da Unifran acabaram de receber o resultado da avaliação da Capes (Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior), realizada a cada três anos. Os mestrados em linguística e medicina veterinária foram avaliados com nota três e o mestrado em promoção de saúde recebeu nota quatro. Já o programa de mestrado e doutorado em ciências obteve nota cinco. A nota máxima para mestrado é cinco e para doutorado é 7.