Das crenças existentes no Brasil, a predominante é o Catolicismo. O mesmo acontece em Jundiaí, mas em proporção maior. Enquanto no país 56,7% da população se declarou católica apostólica romana no Censo de 2022 do IBGE, no município, a porcentagem foi de 59%. A segunda religião predominante é a evangélica, que tem 26,8% da população nacional e 22,1% da população jundiaiense.
As pessoas sem religião somam 8,3% da população de Jundiaí e, no Brasil, representam 9,3% do total. Quanto às demais religiões, Jundiaí tem 3,3% de espíritas, ante a 1,8% no país. Umbanda e Candomblé detêm 1,3% dos jundiaienses e 1% do Brasil. Outras religiões, como Budismo, Hinduísmo, Islamismo e Tradições Indígenas, são quase 6% da população de Jundiaí e quase 5% do Brasil.
De acordo com o Censo de 2010 do IBGE, a porcentagem de fiéis católicos em Jundiaí era de 66% na época. No Brasil, também segundo o Censo 2010, a porcentagem era de 64,6%. Os evangélicos representavam 20,3% da população de Jundiaí e 22,2% do Brasil. 5,6% se declarava sem religião em Jundiaí e 8% no país. As demais religiões somavam 8% da população da cidade e 5,2% do Brasil.
Os dados mostram que, ainda que haja predominância do Catolicismo, a religião teve retração de fiéis nos últimos anos, tanto no país quanto no município. Por outro lado, a religião Evangélica, abrabgendo as diversas vertentes, arrebanha mais fiéis ao longo dos anos, no Brasil e em Jundiaí. A quantidade de pessoas sem religião também aumentou, no país e na cidade.