A história recente de Bauru é preservada através de três museus e três centros de pesquisa histórica. Todos são abertos à visitação pública e não cobram ingresso.
Pertencente à Prefeitura, o Museu Histórico Municipal mantém em seu acervo monumentos, objetos e fotos, que retratam vários períodos da história local. O museu realiza ainda exposições itinerárias pela cidade, além de cursos e palestras. Outras atividades são os projetos Páginas de História, que percorre equipamentos da Secretaria Municipal da Cultura com fotos sobre o distrito de Tibiriçá e a Fazenda Val de Palmas, e o Personagens, que resgata a história de personalidades bauruenses e de renome nacional em forma de textos simples e de fácil entendimento.
Outro órgão da Prefeitura é o Museu Ferroviário Regional, que serve de suporte para as pesquisas de estudantes, pesquisadores e historiadores sobre as ferrovias. A maioria das peças de seu acervo foi doada por famílias de ferroviários aposentados. Outras foram consignadas pelas empresas ferroviárias.
Quem se interessa por ferrovias também pode encontrar rico material de pesquisa no Centro de Preservação da Memória Ferroviária, mantido pela Universidade Estadual Paulista (Unesp) e sob a coordenação do historiador João Francisco Tidei de Lima. O acervo refere-se à antiga Estrada de Ferro Noroeste do Brasil (NOB) e foi doado pela Rede Ferroviária Federal S. A. (RFFSA), chegando a 30% de toda a documentação histórica da ferrovia.
Mais conhecido no meio médico, o Museu do Instituto Lauro de Souza Lima (ILSL) tem coleções científicas da área médica, registros de acompanhamento médico dos doentes, prontuários, filmes, slides, coleções de fotografia e negativos que abordam diferentes temas sobre a vida dos ex-internos do antigo Asilo-Colônia Aimorés, que realizava o tratamento de portadores de hanseníase, e a história da instituição dentro do contexto do diagnóstico e tratamento da doença.
A documentação reunida no museu do ILSL permite o desenvolvimento de estudos nas áreas biomédica e de ciências humanas, uma vez que seu modelo de internação compulsória contribuiu para a formação de um mundo à parte, refletindo fenômeno de exclusão social.
Sobre a vida social de Bauru, as pesquisas podem ser realizadas no Instituto Histórico Antônio Eufrásio de Toledo, ligado à Instituição Toledo de Ensino (ITE) e dirigido por Luciano Dias Pires, e no Núcleo Regional de Documentação e Pesquisa Histórica da Universidade do Sagrado Coração (USC), dirigido por Gabriel Pellegrina. Os dois órgãos mantêm coleções de jornais, revistas, objetos, filmes e fotografias sobre a cidade.