Na área de ensino, a diretoria da faculdade destaca a inclusão, em 2002, da FMB no Programa de Incentivos a Mudanças Curriculares em Medicina (Promed), uma iniciativa conjunta dos Ministérios da Educação e da Saúde, com apoio da Organização Panamericana de Saúde.
A Faculdade de Medicina de Botucatu apresentou, na época oportuna, a sua proposta de atualização curricular e que foi aprovada pelos gestores do Promed. Por isso, hoje, ela faz parte de um grupo de 20 escolas de medicina que, entre as 92 existentes em todo o Brasil, receberão, a partir deste ano de 2003, apoio financeiro para adequar a formação dos médicos à realidade do atual sistema de saúde brasileiro.
A FMB terá uma dotação total de R$ 1,2 milhão e deverá ser aplicada, em etapas, até o final, de 2005. devem ser contratados consultores, realizadas oficinas e seminários, requalificados professores e adquiridos materiais didáticos que modernizarão os sistemas de ensino para redirecionar os objetivos curriculares.
No caso da FMB, pode-se dizer, afirma a diretioria, que uma das metas previstas pela modernização pedagógica já tem sido praticada, com a abertura dos serviços universitários à demanda do SUS, através do Hospital das Clínicas, do Hospital Sorocabano, do Centro de Saúde Escola e, mais recentemente, do Hospital Estadual de Bauru. Além disso, tem sido incentivada a participação de docentes e alunos nas atividades do Pólo de Capacitação do Programa Saúde da Família (PSF).
Ainda segundo a diretoria, foram adotadas providências para dar maior apoio às atividades do corpo docente e ampliar as oportunidades de aprendizado do corpo discente. O parque de informática foi atualizado e aumentado, foi criado o Laboratório de Habilidades, instalado o Núcleo de Ensino à Distância e montado o primeiro curso sob responsabilidade da Faculdade.