A Febem foi inaugurada em Bauru nas proximidades do Núcleo Geisel, em fevereiro de 2002, mas começou a receber os adolescentes apenas três meses depois. Concebida como uma unidade-modelo, os internos seriam ressocializados com atividades multidisciplinares, equipe educativa e ausência de violência.
No entanto, diversas fugas em massa, rebeliões e tumultos já foram registrados. No final do ano passado, 46 menores escaparam da instituição em menos de dois meses. No mesmo período, quando um tumulto também foi registrado, os adolescentes destruíram a enfermaria em um motim que só acabou com a intervenção da Polícia Militar.
Os problemas começaram já na gestão da professora Edinéa Sita Cucci, a primeira diretora da unidade, que foi exonerada em abril de 2003 sob acusação de ter cometido irregularidades administrativas.
Na ocasião, Maria Aparecida Cavalheiro Bien assumiu o cargo no qual ficou por sete meses. Em outubro de 2003, o psicólogo Paulo Orti assumiu a direção da unidade. Ele permaneceu menos de quatro meses no cargo, sendo exonerado em janeiro.
No mês seguinte, assumiu a entidade a professora Celi Aparecida Martins Perpétuo, que apontou como meta o acompanhamento e o gerenciamento mais firme dos funcionário para evitar que ocorrências como fugas e rebelião fosse registradas.
Quando foi nomeada, a entidade contava com 90 funcionários, sendo 53 agentes de apoio técnico, 20 analistas técnicos, três psicólogas, três assistentes sociais, além de servidores administrativos de outras seções.