Na bacia do Alto Tietê, que compreende 34 municípios, inclusive a região metropolitana de São Paulo (RMSP), o problema de poluição é mais grave. Tanto no que se refere ao lançamento do esgoto in natura quanto de detritos industriais e lixo urbano. Dois projetos do governo estadual – de despoluição e de aumento da calha do rio – estão trazendo benefícios ao maior corpo d’água de São Paulo. No entanto, a Sabesp reconhece que ainda há muito o que fazer para o Tietê ser considerado limpo na região metropolitana de São Paulo.
A mancha de poluição, de acordo com a Sabesp, que atingia os municípios de Salto e Barra Bonita, foi reduzida na primeira etapa do projeto de despoluição. A segunda etapa termina neste ano e a meta é reduzir em mais 40 km a mancha de poluição; fazer 290 mil ligações de rede de esgoto domiciliares; elevar o índice de coleta de esgoto de 80% para 84% e de tratamento de 62% para 70%.
Outro projeto em desenvolvimento é o aprofundamento do leito do Tietê, em 2,5 metros e alargamento de sua base de 22 até 46 metros. A obra, que irá aumentar a capacidade de vazão das águas, está sendo realizada ao longo de 24,5 quilômetros, entre as barragens da Penha e Móvel (sob o Cebolão). Iniciada em março de 2002, deve ser concluída no final deste ano.