Para se submeter à transgenitalização, o candidato à cirurgia precisa se encaixar em alguns pré-requisitos. Primeiro, precisa de acompanhamento por mais de dois anos de uma equipe médica multidisciplinar, consentimento formal para se submeter à cirurgia, ausência de transtornos mentais e de características físicas inapropriadas para a operação.
Em média, a cirurgia dura cerca de quatro horas. Após ser operado, o paciente retorna, em torno de três meses, a ter uma vida sexual normal. A cirurgia permite a mudança da aparência do aparelho sexual, portanto não há alterações genéticas, apenas estéticas.
A mudança do sexo masculino para o feminino, conhecida por neocolpovulvoplastia, apresenta resultados melhores que a operação inversa, a neofaloplastia, devido às dificuldades técnicas relacionadas à formação do pênis em seus aspectos estéticos e funcionais.
O processo da cirurgia de mudança de sexo masculino para o feminino é composto de duas etapas. Na primeira, o pênis é amputado e são retirados os testículos do paciente. Em seguida, faz-se uma cavidade vaginal.
A segunda etapa é marcada pela constituição plástica: com a pele do saco escrotal são formados os lábios vaginais. Para tentar garantir o prazer sexual, molda-se a vulva com parte da glande do pênis, área responsável pelo prazer masculino. Depois da cirurgia, o paciente é acompanhado com terapia psicológica e administração de hormônios para o desenvolvimento de características sexuais secundárias, como seios e formato da silhueta feminina.