A colocação de pessoas em cargos de confiança do administrador remontam à era colonial, onde o patrimônio do Estado confundia-se com o do rei e a administração era uma extensão da casa do soberano. No Estado patrimonialista, as nomeações e promoções eram feitas à base do nepotismo e do apadrinhamento, e não por mérito ou competência. De acordo com historiadores, essa situação persistiu por todo o Império.
A República Velha separou o Estado da igreja, mas deixou a burocracia submetida à distribuição de cargos por critérios políticos. A mudança veio com a Era Vargas. Em 1938, Getúlio criou o Departamento Administrativo do Serviço Público, porém, esse modelo nunca se estendeu aos cargos de chefia, direção e assessoramento.
A Constituição de 1988 distinguiu melhor os conceitos. Atualmente, o cargo em comissão é um posto com salário e atribuições definidas, ocupado por pessoa da confiança do nomeante, e não necessariamente um servidor. Já função de confiança é um encargo a ser exercido exclusivamente por um funcionário, que com isso recebe uma gratificação.