Para a disputa de deputado federal em 2006, o bauruense distribuiu 50% de seus votos para centenas de nomes (666 ao todo), sendo que o falecido Enéas Carneiro (Prona) conseguiu 3.583 votos e o evangélico Antonio Bulhões (PMDB) conquistou 3.548, além do estilista Clodovil, também já morto, que se elegeu tendo obtido 3.435 votos em Bauru, sendo 493.451 deles no total entre os paulistas. Rodrigo Agostinho (PMDB), o vereador mais votado na última eleição, mostrou o que o futuro lhe reservava e levou 35.294 votos de bauruenses, seguido de Dudu Ranieri (PFL) com 22.370, Tidei de Lima (PV) com 14.654 e Estela Almagro (PT) com 11.622 votos. Contudo, esses resultados não foram capazes de levar nenhum deles ao Congresso Nacional. Os dois mais votados de Bauru foram Pedro Tobias (PSDB), que contou com 228.242 votos para deputado estadual (segunda maior votação do Estado) e Rodrigo Agostinho (PMDB) que, mesmo não tendo sido eleito a uma vaga a federal, contou com 40.642 votos entre Bauru e outras localidades. Para o governo do Estado, o eleito José Serra (PSDB) também venceu em Bauru com 64,75% dos votos válidos (110.771), ficando o petista Aloizio Mercadante em segundo com 26,94% (46.087). Para o Senado, a fidelidade tucana apoiada no prestígio de Pedro Tobias garantiu Guilherme Afif (PFL) na frente com 49,64% dos votos (76.457 votos), contra 42,15% (64.922) do petista Eduardo Suplicy. Entretanto, foi o petista quem se reelegeu ao Senado por São Paulo. Para presidente da República, Geraldo Alckmin bateu Lula, obtendo 57,87% dos votos (101.805) contra 54.846 votos do presidente (31,18%).