A imagem de Nossa Senhora retirada dos escombros em 1954 vai "sumir" entre 1968 até o início dos anos noventa. Na primeira fase da mistificação, ela foi retirada e apresentada à população pelo então prefeito Domingos Camerlingo Caló, conhecido pelo estilo populista. A década de 50, no Estado de São Paulo, é marcada por lideranças políticas carismáticas e populistas, do tipo de Jânio Quadros e Adhemar de Barros. Caló seguia a cartilha.
A Igreja Católica ignora a devoção da santa. Durante muitos anos a imagem ficou na Igreja Matriz de São Bom Jesus na área central de Ourinhos.
Em 1968, durante uma reforma na igreja, o vigário Arnaldo Beltrame doou algumas imagens de santos, entre elas a da Nossa Senhora. Sob influência do Concílio Vaticano II são retiradas as imagens e feita "doação" a um colaborador da reforma do teto da igreja.
Devido a um movimento popular na décade de 90, uma capela havia sido construída para guardar a imagem da santa nas proximidades do local do acidente. O pároco da igreja matriz, Osvaldo Violante, começou então uma campanha para encontrar a imagem, que mobilizou rádios e jornais. Ela foi localizada na cidade de Ipaussu, na casa do casal Jean e Irene Nicolau, que devolveram a santa para a igreja.
De acordo com a filha deles, a empresária Sônia Nicolau, a imagem permaneceu com seus pais por cerca de dez anos.
"Uma prima que morava em Ourinhos ouviu no rádio sobre a procura da santa e ligou para minha mãe contando. Ela devolveu imediatamente a imagem à igreja", lembra a empresária que, na época, tinha por volta de oito anos. Ela recorda que houve uma carreata com mais de mil carros para buscar a estátua em Ipaussu.
Sônia Nicolau diz que a mãe, devota de São Judas Tadeu e de Nossa Senhora, deixava a imagem sobre uma cômoda no quarto do casal. "Ela possuía uma outra imagem em uma capela improvisada no tronco de uma árvore no quintal. Assim, cavou o tronco do jatobá e colocou a imagem ali", garante.
Há relatos de "graças" recebidas nesse período, segundo Sônia. O aposentado Francisco Bassanta, amigo da família Nicolau e também morador de Ipaussu, contava que, em setembro de 2004, pediu a Nossa Senhora Aparecida que ajudasse o filho de uma amiga, de 13 anos, que estava com suspeita de câncer.
"Quando fomos fazer exames em Marília, eu pedi ao médico que olhasse uma afta que eu tinha na boca há meses. Não deu outra. O câncer que estávamos pensando encontrar no menino estava na minha boca", relembra.
No dia seguinte Bassanta foi operado e está curado da doença. Esta graça teria recebido de Nossa Senhora do Vagão Queimado. Logo depois da cirurgia, ele fui ao santuário agradecer, relata Sônia.
Atualmente, a imagem da santa está guardada num altar no Santuário Diocesano do Vagão Queimado, protegida por uma caixa de vidro na Vila Moraes. O santuário tornou-se paróquia em 12 de outubro de 2001, transformando-se no centro de devoção.