O caso da carne da merenda escolar em Bauru, que discute o pagamento antecipado de produtos alimentícios na Prefeitura de Bauru sem a entrega dos gêneros no mesmo ato, durante a gestão Nilson Costa, teve o recebimento da ação penal determinado pelo juiz federal substituto Diogo Ricardo Goes Oliveira. A denúncia na esfera criminal havia voltada à estaca zero 10 anos depois do surgimento do caso, em razão de nulidade apontada pelo Tribunal Regional Federal (TRF), de São Paulo, em favor do proprietário da empresa Bom Bife, Laurindo Morais de Oliveira.
No recebimento da denúncia, de autoria de Pedro Antonio de Oliveira Machado do Ministério Público Federal (MPF), o juiz pontuou que o ex-prefeito Nilson Costa foi beneficiado pela prescrição da pretensão punitiva. Considerada a origem do caso e o fato deste ter mais de 70 anos, o código estabelece redução pela metade dos prazos. Nas contas processuais, isto aconteceu em 17 de junho de 2009.
Em relação à então secretária municipal de Educação, na época, Isabel Algodoal, o juiz federal também considerou prescrição em relação a um dos itens da denúncia (emprego irregular de verba pública), mas lançou que não procedem a alegação inicial de inépcia da denúncia (em razão dos fatos indicarem condutas individualizadas) e de que não houve dolo nas ações (questão de mérito que será analisada depois). "Diante da existência de indícios de autoria e prova da materialidade dos delitos apurados, recebo a denúncia em face de Isabel Campoy Bono Algodoal", define.
Já o secretário de Finanças da prefeitura na gestão Nilson, Raul Gomes Duarte, teve, de forma idêntica, aplicada a prescrição quanto ao tempo para a eventual punição para o crime de emprego irregular de recursos públicos, mas o recebimento também da denúncia em relação ao restante da ação, o mesmo acontecendo com o então secretário de Administração, Luiz Antonio Gianini de Freitas.
Em relação aos demais citados, a ação não foi modificada na área penal. A retomada, da origem, da ação aconteceu em razão de habeas corpus concedido pela desembargadora do Tribunal Regional Federal (TRF 3) de São Paulo, Vesna Kolmar, em favor de Laurindo Morais de Oliveira, proprietário da empresa Bom Bife, fornecedora da prefeitura denunciada pelo Ministério Público Federal por receber pagamentos antecipados pelos gêneros alimentícios fornecidos posteriormente à merenda escolar. O processo também aponta aditivo ao contrato com elevação do preço dos produtos em 57,80%. Na visão do MPF, o aumento foi injustificado e ilegal.
Em síntese, a denúncia aponta que entre o início de 2001 e abril de 2003, a prefeitura comprou e pagou antecipado por 75 toneladas de carne para a merenda escolar sem que os produtos tivessem sido entregues no ato. O governo municipal defendeu a medida como regular.
Além da acusação de irregularidade por liquidação de despesa em desacordo a lei federal de execução orçamentária (4.320) e o atestado de recebimento por produto não entregue no mesmo instante, o que confrontaria com o disposto na lei de licitações (8.666), a medida judicial quer a condenação dos citados, em outra parte da denúncia, pelo aumento no valor do contrato em desacordo com a norma e acima dos preços cotados à época.
Os denunciados rejeitaram irregularidades nos atos praticados, cada qual de acordo com individualização da denúncia. A figura do fiel depositário como forma de garantir a entrega futura dos produtos foi defendida como medida regular na administração pública, sem que o pagamento antecipado houvesse gerado prejuízo ao erário.
Na ação civil pública referente ao mesmo caso, a Procuradoria da República reiterou, já em fase de alegações finais, as irregularidades e pediu condenação por improbidade administrativa.